En los últimos años, la literatura ha analizado la relación entre las habilidades cognitivas y no cognitivas y los resultados del mercado laboral. Más aún, se ha estudiado la correlación entre diferencias en estas habilidades y diferencias en salarios entre hombres y mujeres. No obstante, la mayoría de los estudios en torno al tema se ha enfocado en países desarrollados. El principal objetivo de este estudio es analizar el rol de las habilidades cognitivas y no cognitivas en la brecha salarial de género en el Perú. Para ello, proponemos utilizar información longitudinal de medidas de habilidad para estimar componentes inobservables (latentes) de ambas habilidades y analizar el rol de dichos componentes en el salario. Los resultados indican que existe una brecha salarial de género significativa en el Perú y que la misma puede ser explicada por diferencias en el retorno de habilidades cognitivas latentes y por diferencias en la dotación de habilidades no cognitivas latentes. Luego de estimar un modelo conjunto de educación, empleo, ocupación y salarios, se observa que aún cuando las habilidades latentes explican la brecha de salarios, las mismas son más importantes para explicar la diferencia en la decisión de ocupación tomada entre hombres y mujeres.